Der Fonds ist von Anfang an unter den Akteuren des Gesundheitswesens und auch unter den Gewerkschaften auf scharfe Kritik gestoßen. Bei der jüngsten Kontroverse geht es im Kern um die aktuellen Beitragssatzerhöhungen der Krankenkassen und die zu erwartende Höhe des neuen, einheitlichen Beitragssatzes ab 2009.